Родился в 1955 в Мадриде. Когда Хавьер Варгас было 6 лет, семья переехала в Аргентину. После окончания начальной школы отец подарил Хавьеру гитару и нанял ему преподавателя. Однако занятия вскоре прекратились из-за нежелания мальчика играть гаммы и заниматься сольфеджио. Он уже был «заражен» эпидемией поклонения року. Вскоре Хавьер Варгас собрал со сверстниками рок-группу, развлекавшуюся джемами и записями в гараже. Музыкант считает годы, проведенные в Аргентине, периодом ученичества, самостоятельного познания музыкального мира.
В 1971 семья Варгасов переезжает в Венесуэлу. Хавьер Варгас пробыл там около двух лет, после чего направляется в США, чтобы утвердиться в своём выборе стези музыканта. Он поселяется в «столице музыки кантри» - городе Нешвилле, штат Теннеси, работает в кавер-бенде, после чего перебирается в Лос-Анджелес. Там играет в клубах, дороги его пересекаются с известными музыкантами, в частности, Roy Buchanan, Van Halen и др.
В конце концов, Хавьер Варгас решает вернуться на родину. С 1977 он, уже сформировавшийся музыкант с собственным видением искусства, в Мадриде. В течение ряда лет работает с исполнителями фламенко и других местных стилей, в частности, с Miguel Rios, Joaquin Sabina, Manolo Tena. В конце 80-х основывает Vargas Blues Band. В 1991 выпускает дебютный диск, на котором обозначает стилистику последующих работ, в основе которой лежит симбиоз современного гитарного блюза и иберийской мелодики.
Как автор музыки Хавьер Варгас получает международную известность благодаря мелодии «Blues Latino» с его третьего альбома. Carlos Santana включил композицию в диск "Santana Brothers" и в концертный репертуар.
В записи пластинок Хавьер Варгас участвовали известные исполнители фламенко и латиноамериканской музыки, в частности, Elena Figueroa, Andrеs Calamaro, Flaco Jimеnez, Rafael Riqueni, прославленные блюзмены Carey Bell, Louisiana Red, Junior Wells, группа Double Trouble, Preston Shannon, Loonie Brooks, Larry McCray, Little Jimmy King, а также Chris Rea.