В 1990 году вышел первый сольный диск Марка - «The Winding Sheet», в 1994-м - «Whiskey for the Holy Ghost», за ними последовали «Scraps At Midnight» (1998), «I’ll Take Care of You» (1999), «Field Songs» (2001) и «Bubblegum» (2004).

В 2001 году Марк присоединился к хард-рок коллективу Queens of the Stone Age, лидер которого, Josh Homme, некоторое время играл на ритм-гитаре в Screaming Trees. Марк участвовал в создании необычайно популярного альбома «Rated R» и следующих за ним «Songs for the Deaf» и «Lullabies to Paralyze», после чего занялся новым проектом - The Gutter Twins - вместе с Greg Dulli, основателем Afghan Whigs и Twilight Singers. Дуэт в 2008 году выпустил альбом «Saturnalia» на сиэтлском лейбле Sub Pop, однажды уже приютившем Screaming Trees.

За последние несколько лет Марк выпустил 3 полных альбома вместе с Isobel Campbell, бывшей вокалисткой и виолончелисткой Belle & Sebastian, а также выступил почетным гостем на тепло принятом публикой альбоме «It’s Not How Far You Fall, It’s How You Land» (2007) группы Soulsavers и последовавшем за ним «Broken» (2009). В 2012 году Марк выпустил очередной сольный альбом «Blues Funeral».

Марк Лэнеган продолжает оставаться единственным живущим гранжевым божеством из троицы Кобейн-Стейли-Лэнеган.

Оба его покойных друга, Лэйн Стейли (Алиса в Цепях) и Курт Кобейн (Нирвана), с кем Марк не только общался и употреблял наркотики, но и играл музыку, хотя и были более успешны и отмечены славой и вниманием прессы, оставили за собой значительно меньшее по объему музыкальное наследие. Всех проектов и сольных записей этого плодовитого музыканта не сможет перечислить и он сам.