В 1989, Bonham появился как специальный гость на Московском Музыкальном Фестивале Мира , исполнив песню Rock and Roll вместе с известными рок-исполнителями, выступавшими в тот день. В том же году он собрал свою собственную группу — Bonham. Хит-сингл с Wait for You с первого альбома The Disregard of Timekeeping имеет умеренный успех. После провала их альбома 1992 года Mad Hatter группа была распущена, и Джейсон Бонэм сконцентрировался на сессионный работе, а также выступлениях в качестве приглашённого музыканта.
В мае 1990 года Бонэм женился на Джен Чапртерис в Киддерминстере. На свадьбе Бонэм устроил джем с Джимми Пэйджем, Робертом Плантом и Джоном Полом Джонсом. В этом браке родилось двое детей — сын Джагер (не в честь Мика Джаггера) и дочь Джез (англ. Jaz).
Бонэм вместе с Полом Роджерсом участвовал в записи номинированного на грэмми альбома Muddy Water Blues: A Tribute to Muddy Waters. Через год со Слэшем и Роджерсом, принял участи в фестивале Woodstock '94. Затем Бонэм вновь собирает свою группу с новым вокалистом — Марти Фредериксеном, который заменил Даниэля Макмастера. Группа получила новое название — Motherland и выпустила альбом Peace 4 Me в 1994 году.
В 1995 году Джейсон вместе с сестрой Зоуи представлял своего отца на церемонии введения Led Zeppelin в Зал славы рок-н-ролла. Бонэм вскоре собрал ещё один сольный проект, который завершился записью альбома In the Name of My Father - The Zepset, с песнями Led Zeppelin. Поступления от альбома пошли на благотворительность.