В 1999 Гленн Хьюз организовывает ряд концертов, посвящённых Томми Болину, в записи которых также принимал участие брат Болина — Джонни, игравший на ударных.
В 2000-х Хьюз не снижает творческой активности, выпуская по альбому в год: «Return to Crystal Karma» (2000), «Building The Machine» (2001), «HTP», «Live In Tokyo», «HTP2» (последние 3 в составе «Hughes-Turner Project», группы созданной Гленом с Джо Лин Тёрнером в 2001-м году), Songs in the Key of Rock (2003), Soulfully Live in the City of Angels (2004), Soul Mover (2005; в создании альбома участвовал барабанщик Red Hot Chili Peppers Чад Смит), Freak Flag Flyin' (2005), Music For The Divine (2006), «First Underground Nuclear Kitchen» (2008)
Помимо сольного творчества Хьюз также сотрудничает с другими музыкантами, играя в качестве приглашённого музыканта.
В октябре 2008 года состоялся тур с концертами Гленна по городам России.
В январе 2010 года на сайте звукозаписывающей кампании Roadrunner Records было сообщено о создании нового проекта с участием Гленна Хьюза, барабанщика Джейсона Бонэма и гитариста-виртуоза Джо Бонамассы. Новая группа Бонэма, Хьюза и Бонамассы получила название Black Country Communion.