Начав как ударник, по примеру своего отца - непоседливого джазмена Джека Пасториуса, Джако переключился затем в 15-летнем возрасте на бас. Он играл в духовом оркестре Las Olas Brass, которая играла популярный материал ведущих исполнителей того времени: Ареты Франклин, Отиса Реддинга, Вилсона Пикетта, Джеймса Брауна и Tijuana Brass. Переход на бас, по признанию Джако, был обусловлен не его выбором.
«Случилось так, - вспоминал Пасториус, - что они взяли другого ударника, который был старше меня и технически намного лучше играл. А когда штатный бас-гитарист ушел примерно в то же время, я перешел на бас».
Для него это было нетрудно. Его большие руки и длинные подвижные пальцы казалось были созданы для игры на басу. Его первым инструментом была подержаная дешевая гитара, которую он купил за 15 долларов. Интенсивно упражняясь на протяжении последующих нескольких месяцев он за короткий срок научился прилично управляться с инструментом. Его младший брат Рори Пасториус хорошо помнит быстрые успехи Джако на басу: «Когда ему исполнилось 16, он был, наверное, лучшим бас-гитаристом в Южной Флориде. Когда ему исполнилось 17, он определенно был лучшим басистом во всем штате».
К тому моменту Джако уже превосходно освоил свой фирменный стиль фанковых перкуссивных 16-х, который позже проявится на таких композициях Пасториуса, как «Come On Come Over» и «Opus Pocus» с его дебютного альбома и «Barbary Coast» с Black Market, его первого опыта с Weather Report. Эта техника в сочетании со звуком его безладового Fender Jazz Bass 1962-го года, усилителями Acoustic 360 и струнами с круглой навивкой, помогала Джако достичь более яркого, напористого звука с большим сустейном в каждой ноте. Все это стало голосом Джако и оставалось его фирменным знаком на протяжении всей его успешной карьеры. Вооруженный необходимым инструментарием, огромным талантом и эго ему под стать, Джако стал «крестоносцем», готовым завоевать весь мир. Он постепенно брал ступень за ступенью на пути к успеху, начав с местных групп, таких как трио с фанковым органом Hammond B-3 Woodchuck (1969-70) и прилизанная группа белого соул Tommy Strand & The Upper Hand (1971-72) и перейдя в гастролирующую по всей стране группу Wayne Cochran & The C.C. Riders (1972-73), которая послужила закалкой «творческого фонтана» Джако. Это выступления с Кокрэном - несколько концертов в день, семь дней в неделю - выработали его невероятную выносливость и техничность, которые затем так хорошо послужили ему в компании быстрых Завинула и Шортера в Weather Report. И именно тогда Джако начал осваивать аккордовую игру, ложные флажолеты и перкуссивные эффекты на бас-гитаре, приемы, которые позже проявились в его камерных записях с Джони Митчел (Hejira, 1976 и Don Juan’s Reckless Daughter, 1977).

Вот как объясняет его коллега по ритм-секции C.C. Riders, ударник Эллин Робинсон: «Его игра была такой эмоциональной и творческой, но она не была сумбурной. При всей насыщенности она была текучей, это было как жизнь, как дыхание, в ней были Инь и Янь. Красота игры Жако заключалась не в очевидных вещах. Дело было вовсе не в том, что он мог быстро играть. Дело было в его фразировке. Джако делал мое звучание хорошим. У меня ни до ни после не было такой зацепки с другим басистом. Никогда не появится кто-либо вроде Джако. Для меня существует бас-гитара до Джако и бас-гитара после Джако. Именно так. Я хочу сказать, что у него был божий дар».
Жако достиг с Weather Report реактивного взлета до статуса суперзвезды (1976-82). Как говорит барабанщик и его коллега по Weather Report Петер Эрскин: «С одной стороны он был огромным явлением в музыкальном бизнесе, Майкл Джексон от джаза. Он производил такое невероятное впечатление. Для творческого инструменталиста, такое воздействие беспрецедентно. Он был тем, в ком чувствовался просто невероятный потенциал. Он действительно держал мир за хвост». В середине 1980-х годов у Пасториуса начались проблемы с психикой, налицо были симптомы маниакальной депресии. Его здоровье ухудшалось из-за употребления наркотиков и алкоголя. В итоге Джако Пасториус потерял уважение публики и стал изгоем музыкального бизнеса. в 1987 году в Форт-Лодердейле в клубе Midnight Club одна из ссор с тамошним вышибалой закончилась дракой. Врачи констатировали необратимое поражение головного мозга. Пасториус скончался, не выходя из комы, 21 сентября 1987 года, всего десять недель не дожив до 36-летия. Но его наследие, записанное с Weather Report, Джони Митчел и его собственным проектом Word of Mouth живет сквозь время. В честь великого басиста Майлз Дэвис на альбоме Amandla вместе с Маркусом Миллером записал композицию «Mr. Pastorius».